A quarta divisão do campeonato brasileiro chamada de série D foi criada pela CBF para a temporada 2009. 

Com a participação de 39 clubes, alguns selecionados pelas campanhas nos campeonatos estaduais de 2009, alguns pelos estaduais de 2008 e ainda outros pelas campanhas nas taças estaduais.

Os 39 clubes foram divididos em 10 chaves, nove com quatro equipes e uma com apenas três, sempre procurando o critério regionalizado para diminuir os custos, principalmente dos deslocamentos das delegações.

Santa Catarina teve dois representantes nesta primeira edição da série D do campeonato brasileiro: Chapecoense e Brusque.

A Chapecoense foi selecionada por ter sido vice-campeã do estado em 2009. Decidiu e perdeu o título para o Avaí. O Brusque por ter por ter sido campeão da Copa Santa Catarina em 2008. 

Na primeira fase a Chapecoense ficou no Grupo 9 com Londrina, Ypiranga de Erechim e Naviraiense do Mato Grosso do Sul. Avançou para a segunda fase em primeiro lugar em seu grupo.

O Brusque no Grupo 10 disputou com São José de Porto Alegre, Corinthians Paranaense e o Pelotas. Ficou em terceiro lugar e não se classificou.

A Chapecoense eliminou o Corinthians Paranaense na segunda fase. Na terceira fase, oitavas de final superou o Londrina, nas quartas de final derrotou o Araguaia do Mato Grosso e foi derrotada somente nas semifinais quando perdeu para o Macaé.

Na final o São Raimundo do Pará superou o Macaé e ficou com o título.

Os quatro primeiros colocados da série D em 2009 adquiriram o direito de disputar a série C no ano seguinte. São Raimundo, Macaé, Chapecoense e Alecrim do Rio Grande do Norte foram os times do acesso.