2006 foi o ano da conquista do segundo título nacional do Criciúma. Depois de verdadeira maratona de jogos em várias fases do campeonato o Tigre chegou em primeiro no hexagonal decisivo que indicou as quatro equipes que subiram para a série B em 2007.

Além do campeão Criciúma conseguiram o acesso o Vitória da Bahia, o Ipatinga de Minas Gerais e o Grêmio Barueri de São Paulo.

Pela primeira vez, em 2006, o campeonato brasileiro da série B foi disputado por 20 clubes no regime de pontos corridos. O Avaí foi o único catarinense no campeonato e terminou sua participação na 13ª posição.

Em 2006 somente o Figueirense entre os times de Santa Catarina estava na disputa da série A do Brasileirão. O time do Scarpelli fez uma caminhada segura na elite do futebol brasileiro e fechou as 38 rodadas na 7ª posição.

Outro catarinense no campeonato brasileiro foi o Joinville que a exemplo do Criciúma disputou a série C. 

O Joinville mesmo fazendo uma ótima primeira fase quando terminou na primeira posição em seu grupo sucumbiu na fase seguinte, pois terminou na terceira posição numa chave com quatro equipes. Subiram apenas dois, Noroeste em primeiro e o Criciúma em segundo.

A Chapecoense que há seis temporadas consegue se manter na série A em 2006 ainda não existia em nível nacional.

Assim foi o futebol catarinense nos campeonatos brasileiros de 2006.