A primeira edição da Copa do Brasil foi realizada em 1989 e o Criciúma não esteve presente. Avaí campeão e Blumenau vice no campeonato catarinense de 1988 foram os representantes do estado.

O Avaí foi eliminado na primeira fase pelo Vitória da Bahia. No jogo de ida os baianos venceram por 2x0 e mesmo ganhando o jogo da volta na Ressacada por 1x0 o Avaí foi eliminado pelo saldo de gols.

Já o Blumenau conseguiu ultrapassar a primeira fase no confronto contra o Operário do Mato Grosso do Sul. A primeira partida foi em Blumenau e terminou em 1x1, na volta em Campo Grande os catarinenses se classificaram com vitória por 1x0.

Na segunda fase o Blumenau deu azar por cruzar com o Flamengo e deu a lógica. Duas derrotas por 3x1 em Blumenau e no Rio de Janeiro. Foi a única experiencia do time na competição nacional.

O Criciúma fez sua estreia na segunda edição do torneio em 1990 por ter sido campeão estadual no ano anterior. O Joinville, vice-campeão também disputou pela primeira vez a Copa do Brasil. 

E esta segunda edição serviu como preparativo para o Criciúma conquistar o título no ano seguinte. O time foi longe eliminando o Internacional de Porto Alegre na primeira fase, o Coritiba na segunda fase, as oitavas de final, o São Paulo nas quartas e caiu somente na semifinal derrotado pelo Goiás na decisão por pênaltis.