Somente sete anos depois voltou a ser disputado o campeonato brasileiro da série C. A primeira edição havia acontecido em 1981 e pela dificuldade da CBF em acertar o calendário do futebol brasileiro, o advento Clube dos 13 em 1987 gerou ainda mais confusão e a entidade resolveu implantar um ano depois a Copa União, dividindo os clubes em três divisões. Portanto, em 1988 voltou a disputa da série C.

Houve uma novidade no regulamento das três divisões. Uma vitória no tempo normal passou a valer três pontos. Jogo que terminasse empatado provocaria uma disputa por pênaltis com o vencedor ganhando dois pontos e o time derrotado ficaria com apenas um. Time derrotado no tempo normal não somaria ponto.

A série C de 1988 foi disputada por 43 clubes divididos na primeira fase em 12 grupos, uns com quatro, outros com três e até com dois clubes em cada um. Os dois primeiros de cada grupo passaram para a segunda fase.

Santa Catarina teve dois representantes no Grupo 11, Figueirense e Brusque e ambos se classificaram, e também no Grupo 12 com a classificação de Blumenau e Marcílio Dias.

Na segunda fase os 24 classificados foram alinhados em seis grupos de quatro e somente o vencedor passou para a fase seguinte. Entre os catarinenses apenas o Marcílio Dias conseguiu se classificar. 

Os seis clubes que ultrapassaram a segunda fase foram divididos em dois grupos de três e o primeiro colocado de cada um disputou o título. O Marcílio Dias terminou na segunda posição no grupo que teve o União São João de Araras como vencedor.

O clube paulista disputou a final com o Esportivo de Passos, Minas Gerais. No primeiro jogo em Passos houve empate em 1x1 e no segundo em Araras outro empate por 2x2.

Por ter somado maior número de vitórias em todo campeonato o União São João foi declarado campeão da série C de 1988.