Mesmo já tendo sido por duas vezes campeã do estado, de certa forma a escalada da Chapecoense em nível nacional começou com o tricampeonato catarinense em 2007.

Depois de ficar com o vice-campeonato em 2009 perdendo na final para o Avaí, a Chapecoense jogou a série D do campeonato brasileiro. Depois de ultrapassar várias etapas foi para decisão com o Macaé, já com o acesso garantido. Perdeu o jogo de ida no Maracanã por 2x0 e mesmo vencendo em Chapecó por 3x2 garantiu o vice-campeonato.  

Em 2010 a Chapecoense foi rebaixada no campeonato estadual, mas houve uma virada de mesa, pois o Atlético de Ibirama pediu licenciamento do futebol profissional e assim foi rebaixado com a Chapecoense mantendo a vaga. Na série C foi eliminada nas quartas de final.

Em 2011 a Chapecoense conquistou seu quarto título estadual e na série C do campeonato brasileiro foi eliminada na segunda fase quando ficou em terceiro num grupo com Joinville, Caxias, Santo André e Brasil de Pelotas.

No ano seguinte a Chapecoense disputou a Copa do Brasil por ter sido campeã estadual no ano anterior e caiu na segunda fase para o Cruzeiro depois de empatar em 1x1 no Índio Condá e perder por 4x1 no Mineirão.

Foi terceira colocada no campeonato estadual de 2012 e foi muito motivada para disputar a série C do brasileiro. Depois de muitos jogos terminou a primeira fase em terceiro lugar na sua chave e foi decidir o acesso na segunda fase contra o Luverdense. Depois de vencer em Chapecó por 3x0 a derrota por 1x0 em Lucas do Rio Verde a Chapecoense estava garantida na série B em 2013.

Na segunda divisão do futebol brasileiro, depois de 38 jogos a Chapecoense garantiu o acesso à elite com o vice-campeonato da série B. Conseguiu 20 vitórias, 12 empates e somente seis derrotas. Seu atacante Bruno Rangel foi o artilheiro do campeonato com 31 gols marcados.

Este foi o caminho da Chapecoense para chegar à primeira divisão do futebol brasileiro onde permanece até hoje, disputando a competição pela sexta vez consecutiva.