Por ter sido rebaixado da série B de 2005 o Criciúma foi obrigado a disputar no ano seguinte a terceira divisão do campeonato brasileiro que foi composta por 63 times divididos na primeira fase em 15 grupos com quatro e um grupo com três. Os dois primeiros de cada grupo passaram para a fase seguinte.

Os 32 classificados para a segunda fase foram novamente divididos em oito grupos com quatro times em cada um, passando para a terceira fase os dois primeiros de cada grupo.

Novamente os dois primeiros de cada grupo da terceira fase avançaram para a fase final. Os oito componentes da fase final jogaram entre si em turno e returno com os quatro primeiros sendo promovidos para a série B em 2007.

As duas primeiras fases foram regionalizadas para evitar custos mais elevados para os clubes. Tem disso até os dias de hoje apesar do novo formato na série C.

Na primeira fase o Criciúma se classificou em segundo, na segunda e terceira fases também. Teve alguns resultados expressivos como as goleadas por 6x0 sobre o Novo Hamburgo e 4x0 sobre o Brasil de Pelotas na primeira fase. Teve uma derrota por 5x1 para o Joinville na segunda fase.

No octogonal final a campanha do Criciúma foi espetacular. Depois de 14 jogos o Criciúma foi o campeão da Série C em 2006 com nove vitórias, quatro empates e apenas uma derrota. O título veio na penúltima rodada com direito a um 6x0 sobre o Vitória da Bahia que ficou em segundo com seis pontos a menos.

Os números finais mostram que para chegar à sua terceira estrela em nível nacional o Criciúma disputou 32 jogos com 19 vitórias, sete empates e seis derrotas. O ataque marcou 64 gols e a defesa sofreu 33. 

O artilheiro foi Beto Cachoeira que marcou 12 gols.